菌群移植是将健康供体的肠道菌群通过一定方式移植到患者肠道内，以重建患者肠道微生态平衡，从而治疗疾病的方法。它主要用于治疗以下几类疾病：

消化系统疾病

艰难梭菌感染：这是菌群移植的主要适应证之一。艰难梭菌感染可导致严重的腹泻、结肠炎，甚至危及生命。菌群移植通过引入健康的肠道菌群，能够抑制艰难梭菌的生长，恢复肠道正常的微生态环境，从而有效治疗感染并预防复发。

炎症性肠病：包括溃疡性结肠炎和克罗恩病。研究发现，患者肠道菌群存在失衡，菌群移植有助于调节肠道免疫功能，改善肠道炎症，缓解症状，促进肠道黏膜愈合。

肠易激综合征：这种疾病常伴有肠道菌群失调，菌群移植可以调节肠道菌群结构，改善肠道功能，减轻腹痛、腹胀、腹泻或便秘等症状。

肝硬化：肝硬化患者常存在肠道微生态失衡，易发生肝性脑病等并发症。菌群移植可改善肠道菌群，减少肠道内毒素产生和吸收，降低肝性脑病的发生风险，提高患者生活质量。

神经系统疾病

帕金森病：越来越多的研究表明，肠道菌群与帕金森病的发生发展密切相关。菌群移植可能通过调节肠道菌群平衡，影响神经递质代谢和免疫功能，从而改善帕金森病患者的运动症状和非运动症状。

自闭症谱系障碍：一些研究发现，自闭症患者肠道菌群组成与正常人群不同，菌群移植可能对改善自闭症患者的肠道功能和行为症状有一定作用，但相关研究还处于探索阶段。

代谢性疾病

肥胖：肠道菌群在能量代谢和脂肪储存中起着重要作用。菌群移植可以改变肠道菌群结构，影响营养物质的吸收和代谢，调节脂肪代谢相关基因的表达，从而有助于减轻体重和改善代谢指标。

2 型糖尿病：肠道菌群失调与胰岛素抵抗、血糖控制不佳有关。菌群移植可能通过改善肠道微生态，调节肠道内分泌功能，增强胰岛素敏感性，对 2 型糖尿病起到一定的治疗作用。

此外，菌群移植在治疗免疫缺陷病、过敏性疾病等方面也有一定的探索和应用，但这些领域的研究还相对较少，需要更多的临床试验来验证其疗效和安全性。